第1次冒险的3年后,数码世界又随即开始出现新的危机,为此而出现了新的被选中的孩子来拯救这个世界。原本被选中的孩子们都进入中学(阿武和小光没有),他们不能再长时间地守护数码世界和他们的数码兽伙伴。某日,一个自称数码皇帝的凶暴少年突然出现攻击数码兽,还利用黑暗螺旋环和黑暗塔企图控制数码兽们。在他的处处逼迫之下,数码兽迫于无奈展开战斗。 新一代被选中的小孩们共3个,另外还有阿武和小光继续参战。他们每个人都获得一台新的暴龙机“D-3”,他们以此通过电脑进入数码世界,另外一个用处是“装甲进化”,只要使用数码装甲蛋就可以让他们的数码兽即使在黑暗力量的控制下,也可以完成装甲进化。最后,大家成功阻止邪恶的数码皇帝完成阴谋,可是他的最重要的数码兽──虫虫兽因为小贤(数码皇帝人格)的错而死去。 小贤对他之前错误的行为感到后悔,并且决定加入被选中的小孩们,并且与新出现的敌人亚基利兽(Archnemon)和她的伙伴木乃伊兽(Mummymon)战斗。亚基利兽有独特的力量可以把黑暗塔的控制力变强。为了与这个新的威胁战斗,孩子们得知了DNA Digivolution,使他们的数码兽合并以获得更多力量。 最后,当战斗