电影捉妖学院剧情讲述了作为魔法界“土系”后裔的小魔豆穿过时空之门，来到了隐藏在密林深处的捉妖学院，结识了众多伙伴。校园里接连发生了一系列怪事，小魔豆和他的小伙伴们从校长口中得知，在学院的地宫之下镇压着绝世大魔头闪影。它的复活，将使捉妖学院乃至整个魔法界面临巨大危机。在联手抗敌的过程中，小魔豆和伙伴们发现在闪影复活的背后隐藏着更大的秘密。
超级英雄萌叔为了营救被地宫古魔挟持的芊儿，来到捉妖学院，并结识了御盾忍者、读心小妞、飞毯灵兽人、小魔豆...随着萌叔一行人身世的揭开，他们毅然决然的踏上了降妖除魔的道路。
